拔管风暴中所涉利益回避、赴陆兼课等争议，主要是蔡政府对《大学法》第九条「大学遴选出校长后由教育部聘任之」扩大解释，以为政府有权决定最后的校长人选。事实上，法律不能只看表面文义，而须回归立法当时的情境和原意去检视，才知道立法的初衷。回溯这条法规的制订历史，即可知遴选校长与大学自主紧密相关，教育部必须尊重大学的遴选结果，没有退回的空间。
《大学法》第九条是在二○○五年修正，当时地区行政单位版本原拟采「两阶段遴选」，让教育部扮演最后的过滤角色；绿委管碧玲为此提出质疑说：「final solution和final decision-making（最终决定权）是在教育部，如此，大学要如何自主？」后来，教育部长杜正胜明确答复说，以后大学遴选委员会要负起责任，教育部「完全」尊重学校的决定。因此，最后通过的版本取消了教育部遴选的设计。
讽刺的是，今天蔡政府竟对扁政府时代追求「大学自主」的进步修法翻脸不认帐，恣意曲解法律，更粗暴擅自扩张行政权。尤其，新教育部长吴茂昆的争议更大，一批御用学者竟还争相护航，这如何有脸奢谈品德、诚信和程序正义？
当自由和法治都已失去界线，台大必须起而力争，不可屈从。台大可以没校长，绝不能没校格。